Laut GenTG ist der Betreiber eine juristische oder natürliche Person oder eine nicht-rechtsfähige Personenvereinigung, die unter ihrem Namen eine gentechnische Anlage errichtet oder betreibt, gentechnische Arbeiten oder Freisetzungen durchführt oder Produkte, die gentechnisch veränderte Organismen enthalten oder aus solchen bestehen, erstmalig in Verkehr bringt. Im Hinblick auf gentechnische Arbeiten in geschlossenen Systemen trägt er gemäß GenTG und GenTSV die Verantwortung für alle durchgeführten Arbeitsabläufe, letztendlich also für die Sicherheit des gesamten Anlagenbetriebs. Daraus ergibt sich eine Reihe von Betreiberpflichten, von denen einige wichtige nachfolgend genannt sind.

Kann der Betreiber bzw. sein gesetzlicher Vertreter die unten genannten Pflichten nicht alleine erfüllen, kann er sie an befähigte Personen delegieren. Die Delegation von Pflichten des Betreibers an Dritte (Projektleiter) sollte dabei schriftlich erfolgen.

Betreiberpflichten:

• Im Rahmen der allgemeinen Sorgfaltspflicht hat der Betreiber eine Risikobewertung von Organismen und eine Sicherheitseinstufung der Arbeiten vorzunehmen. Ihm obliegt die Gefahrenvorsorge durch die Ermittlung möglicher Gefahrenquellen.
• Er ist verpflichtet, dem Stand von Wissenschaft und Technik angepasste Gefährdungsbeurteilungen, Betriebsanweisungen und gegebenenfalls Hygienepläne zu erstellen.
• Ebenfalls zur Abwehr von Gefahren dient die Festlegung geeigneter, dem Stand von Wissenschaft und Technik angepasster Sicherheits- und Vorsorgemaßnahmen und die regelmäßige und dokumentierte Unterweisung der Beschäftigten mit Zugang zum gentechnischen Arbeitsbereich sowie gegebenenfalls des externen Wartungs-, Instandsetzungs- und Reinigungspersonals.
• Der Betreiber hat über die Durchführung gentechnischer Arbeiten Aufzeichnungen zu führen und diese der zuständigen Behörde auf Anfrage vorzulegen. Gegenüber den zuständigen Behörden ist er auskunfts- und bezüglich ihrer Überwachungsmaßnahmen duldungspflichtig.
• Für die Durchführung gentechnischer Arbeiten hat der Betreiber Projektleiter (PL) zu ernennen sowie Beauftragte für die Biologische Sicherheit (BBS) zu bestellen.
• Der Betreiber besitzt diverse Mitteilungspflichten, beispielsweise bei einem Wechsel des PL oder BBS, bei nicht wesentlichen Raumänderungen, bei unerwarteten Vorkommnissen oder bei einer Betriebseinstellung.